Het Abdijmuseum organiseert op regelmatige basis een congres rond een deel van de museale collectie. 

Voorbije congressen:

• 'De Grisailles & het kunstpatrimonium van de Duinenabdij' over de kunstschatten van de abdij: wat we erover weten en waar die zich nu bevinden. (2022)
• 'Het DNA van de Merovingen', over de vondst bij het politiekantoor begin 2017 en het wetenschappelijk onderzoek dat daarna volgde. (2021)
• 'Doden Spreken', over de menselijke skeletten die tijdens de archeologische opgravingen op de abdijsite Ten Duinen werden gevonden. (2015)
• 'Verloren glans', over de ruime en merkwaardige vlakgklascollectie van de Duinenabdij (2013)
• Tot stand komen van monastieke landschappen? Domeinbeheer door religieuze instellingen in Noordwest-Europa tussen de 12de en de 18de eeuw (2011)
• Architecturale natuursteenfragmenten. De bouwhistorische problematiek rond afbraak, opgraving, consolidering en presentatie in lapidaria. (2009)
• Middeleeuwse baksteenarchitectuur. (2007)
• Nieuwe inzichten over middeleeuwse tegels in cisterciënzerabdijen. De tegelcollectie van Ten Duinen in een internationale context. (2005)
• De cultuurhistorische input van cisterciënzersites in West-Europa. (2000)